Joan là con gái của Louis, Vua Navarre (Louis I), và người vợ thứ nhất của ông, Margaret xứ Burgundy.[2][3] Joan sinh năm 1312.[3] Cha Joan là con trai lớn nhất và là người thừa kế của Philip IV của Pháp cũng như hoàng hậu Pháp Joan I của Navarre.[4]

Mẹ của Joan, Margaret và chị dâu của Margaret, Joan và Blanche xứ Burgundy, đã bị bắt cùng với hai hiệp sĩ, anh em Philip và Walter của Aunay, vào năm 1314.[5]  Sau khi bị tra tấn, một trong những anh em đã thú nhận rằng họ đã từng là người yêu của Margaret và Blanche trong ba năm[5].  Anh em nhà Aunay sớm bị xử tử, và Margaret và Blanche bị cầm tù.[5]  Trước đó không lâu, Margaret đã chết trong nhà tù của mình ở Château Gaillard.[5] Sau vụ bê bối, tính hợp pháp khi là một công chúa của Joan trở nên đáng ngờ, bởi vì mẹ bà bị buộc tội đã ngoại tình vào khoảng năm sinh của Joan.[6]

Philip IV qua đời vào ngày 26 tháng 11 năm 1314 và cha của Joan trở thành Louis X của Pháp, cũng như Louis I của Navarre.[7] Louis đã tuyên bố rằng Joan là con gái hợp pháp của ông trên giường bệnh,[6] khi ông đang hấp hối.[3] Ông mất vào ngày 5 tháng 6 năm 1316.  Người vợ thứ hai của ông, Clementia của Hungary, đang mang thai.  Theo thỏa thuận của các lãnh chúa mạnh nhất của Pháp, được hoàn thành vào ngày 16 tháng 7, nếu Clementia sinh con trai, con trai sẽ lên ngôi Vua Pháp, nhưng nếu sinh con gái, thì đứa con gái đó và Joan có thể chỉ thừa kế Vương quốc Navarre và các hạt Champage và Brie (ba vương quốc mà Louis X được thừa hưởng từ mẹ của ông, Joan I của Navarre)[8]. Nhưng cuối cùng, Clementia sinh ra một đứa con trai và được lên làm vua, nhưng chỉ 5 ngày tuổi đã qua đời, là John I của Pháp cũng như Navarre. Người ta cũng đồng ý rằng Joan sẽ được gửi đến người thân của mẹ bà ở Burgundy, nhưng cuộc hôn nhân của bà cũng không thể được quyết định nếu không có sự đồng ý của các thành viên hoàng tộc Pháp.[8]